滴灌设备因为流道细小且曲折，在使用过程中难免出现堵塞，出现堵塞后排查难、清理难，使得滴灌设备在一些水质不佳的地区表现不佳，或者说滴灌设备都需要强大的过滤系统，这无形中增加了系统的成本。而微喷灌设备的水流通道虽然不如大型喷灌设备粗大，但同滴灌设备相比也大的多，所以即使水源水质有一定杂质，微喷灌设备也能顺畅的通过流道排出喷头内，不易形成堵塞。
2、微喷灌设备可调节田间小气候
在作物种植过程中，除了水分、肥料的供给之外，田间小气候的表现也能影响作物的生长，比如保持田间的空气湿度，高温季节还能降温避暑。滴灌设备的灌溉水是以水流或水滴形式，直接而缓慢的输送到土壤表面，基本不会影响空气的状况，大型喷灌设备因流量大、射程远，喷灌水的水流较粗，雾化程度低，水分难以停留空气，因此对空气的影响也很有限。而微喷灌设备的雾化程度基本都比较高，喷灌过程中更易在地表附近形成雾气，且停止喷灌后湿度保持时间较长，因此可以有效调节田间小气候。
3、微喷灌设备不受作物高度影响
如果是果树等高度较高的作物类型，即使是中长距离的喷灌设备，也经常会被阻挡而无法完全覆盖，即使能覆盖的地区，也会因树叶的阻挡而严重破坏均匀度，而且将水流直接喷射在植株茎叶上会对植株造成刺激，可能导致叶片萎缩，而且果树如果喷过抗虫物，中长距离的喷灌设备很容易将膜冲洗掉，因此导致喷灌效果不佳。微喷灌设备高度较低，喷灌水流雾化程度高，既不会被果树影响覆盖范围，也不会刺激叶片，因此果树除了使用滴灌，还可以使用微喷灌设备。